報關后，應當將材料分發其他部門，歸檔保留。報關材料是辦理會計處置、出口退稅和外匯核銷的必備材料，因此，應當建立材料交接的控制制度和控制表，具體

①海關完稅憑證、報關單外匯核銷聯、報關單退稅聯應當在取得當天或者第二天提交給財務部門。交接后雙方在簽收表上簽字。

②加工貿易手冊、進料加工進口報關單（出口退稅免稅證明）、手冊核銷申請表等材料應當在取得當天或者第二天提交給財務部門。

③建立單證交接登記臺賬。

④編制單證交接月度統計表，由關務管理人員和財務部門的管理人員進行填制。管理規范的公司往往會采用關務管理系統或者內部管理系統，一般中小企業也應制作報關記錄表冊，這些系統或表格既可認為保留和分析報關信息所用，也可以控制保稅手冊平衡。報關部門，應當在取得材料后的當天將所有報關記錄錄入系統。如果是通過記錄表的方法記錄，應當將更新的記錄表提供應關務部門的管理層。

紙質材料是報關、復核的重要材料。海關規定進出口報關單、協議、合同、發票、保險單據、運輸單據、進出口收付匯核銷單、往來函電、許可證、批件、結匯單、手冊復印件及其核銷結案表、其他與進出口業務直接有關的單證材料等應該自進出口貨物放行之日起保管三年，保稅進出口貨物、減免稅進口貨物應該自辦結海關手續之日起保管三年。

《海關稽查條例》第七條規定：與進出口活動直接有關的企業、單位應該按照有關法律、行政法規規定的保管期限，保管會計賬簿、會計憑證、會計報表和其他會計材料。報關單證、進出口單證、合同以及與進出口業務直接有關的其他材料，應該自進出口貨物放行之日起保管3年。

此外，文件和單證的歸檔應當留意以下幾點：恰當的分類辦法，比如依照業務類型區分并建立相應的文檔，分為一般貿易、減免稅、保稅貨物、海關稽查和檢查、其他特別事項等；以報關單為索引排序，所有的單證都與相應的報關單對應；在每個文檔上設立清單，記錄該文檔所有材料；文檔保留在固定的文件柜內，而不是具體辦事人員的辦公桌里面，減少因經辦人調離崗位或分開公司后隨身帶走文檔，或造成文檔缺失；關務管理人員或其他管理人員定期檢查文檔的完全性；公司內部其他部門的人經同意后可以查閱報關文檔。超過一定期限的材料，如三個月，歸入公司公共文檔柜。

目前絕大多數企業都已經運用了盤算機信息管理系統，如企業資源計劃ERP、物資要求計劃（materialrequirementplanning，MRP）等，如果能夠將貿易和關務的合規性要求直接反應在系統設計中，或者從系統中直接提取海關申報數據和申報報表，將極大減少手工作業中可能發生的錯誤，以及依附人工斷定發生的差錯。