企業應將其自身的管理要求與海關的各項管理規定相結合，建立、健全內控機制。

一是崗位責任制。增強企業管理人員、報關主管或進出口部門負責人、報關人員的崗位管理，明白職責分工，制訂完美的進出口業務操作流程、工作標準及報關人員管理規定。

二是完美的進出口業務管理制度。包含報關管理制度、外匯核銷管理制度、出口退稅管理制度、批文和配額等進出口專有權力管理制度及財務管理制度，有明白的進出口業務分工和完全的作業流程規定。

三是印章、合同、票據、單證收付、檔案、倉儲管理制度和規定。有專人保管報關專用印章、手冊、報關單、清單、轉廠材料及有關進出口材料，并有明白的保管、交接、存檔制度和手續。企業的會計賬簿、會計憑證等材料的保管要求和時限，應依照《中華人民共和國會計法》（以下簡稱《會計法》）、企業會計制度等的要求嚴厲執行，增強會計監視。

四是企業內部協調聯系機制。保證進出口業務的有序銜接和手冊、報關單、轉廠材料等有關進出口材料的妥當交接、保管，避免遺失重要業務單證或無法提供有關賬簿、材料等情形的產生。形成進出口業務管理協調、統一的整體系統。