海關核查有一般流程和特別流程，下面就主要來說說特別流程：

（1）書面核查流程

核查人員無須到現場，僅采用書面形式對企業進行核查。實用于簡單的低風險的僅需企業進行確認的核查任務，包含依照規定要求僅需做書面調查的出口退貨調查、技術性貿易辦法影響調查等核查任務。

（2）聯網核查流程

該流程主要采取網絡檢查的方法實行作業。目前主要是針對聯網監管企業、高級認證企業的核查業務。

（3）批量核查流程（歸并核查流程）

針對多個核查任務，以批量的形式一次完成核查計劃制定、審批和反饋，現場核查也由一個核查組或多個核查組一次完成多個核查任務。實用于工作量集中、重復性強且廉政風險較低的核查任務，比如進口商品進人國內市場抽查檢驗核查任務等。