直接向日本專利局申請日本商標注冊很容易懂得，跟注冊美國商標一樣，申請人可以委托商標注冊代理機構辦理相干事宜，申請人支付日本商標注冊官費+代理費即可。日本商標注冊官費是固定的，代理費則依據每家代理公司供給的服務項目有所不同。港勤平臺日本商標注冊總費用為5620元，包括官方數據查詢及出具查詢報告、提交注冊申請、傳達官方文件、領取注冊證書的費用。不含對官方發出的審查看法進行答辯、提交優先權文件費用。

那么通過馬德里國際商標系統注冊日本商標的費用是多少呢？

馬德里商標國際注冊系統重要是根據馬德里協議書及其認定書設立，通過馬德里系統提交的商標注冊申請，統一交由國際局進行情勢審查，再由國際局轉交各國的商標主管機關進行進一下的本質性審查。

依據《商標國際注冊馬德里協議》、《商標國際注冊馬德里議定書》以及《商標國際注冊馬德里協議及該協議有關議定書的共同實行細則》的規定辦理馬德里商標國際注冊申請的，申請人應在規定期限內向世界知識產權組織國際局（以下簡稱國際局）繳納申請規費。依據國際局宣布的收費尺度，馬德里商標國際注冊新申請費用由以下部分組成：

一、基本注冊費：653瑞士法郎（黑白圖樣）或903瑞士法郎(彩色圖樣)。

二、彌補注冊費：每個指定締約方收取100瑞士法郎，請求單獨規費的締約方除外。

三、附加注冊費：在有彌補注冊費的情形下，如商品/服務的類別超過3個，每增長1個類別，增長100瑞士法郎。

四、單獨規費：某些締約方會請求收取單獨規費。

單獨收取規費的國度及收費尺度如下：

單獨收費的尺度不是固定的，國際局將依據匯率的變更或者應單獨收費國因國內收費尺度變更的請求及時將各國新的單獨收費尺度通知各成員國。括號內為集體商標收費尺度。

另外，日本的單獨規費分申請費和注冊費兩次收取。具體表示在：在新申請或后期指定中指定日本的，申請人先繳納申請費，待日本特許廳或加納工業產權局審查核準后，通過國際局通知申請人繳納注冊費。其中，日本申請費用為140瑞士法郎，注冊勝利后收取注冊費用467瑞士法郎。

申請費可以由申請人或商標注冊代理機構直接向國際局繳納，也可以通過商標局轉交；注冊費須要依據國際局通知上的請求直接向國際局繳納。實踐中，申請人收到通知后，一般由商標注冊代理機構直接根據指定賬戶付款，并請求列明付款明細進行付款。

綜合來看，直接向日本專利局申請日本商標注冊的效力更高、所需時光更短；在注冊成本方面，如一次性注冊的國度較多，馬德里收費更低，如一次性注冊的國度較少，單一國的成本更低。因此畢竟是選擇哪種方法注冊日本商標，還要依據商標申請人的實際情形來肯定。