1、侵權行為的證據 這是最主要的，司法實踐中采用“實質性相似加接觸原則”，即要有證據能證明原告軟件和被告軟件是相同的或構成實質性相似，并且被告接觸了或有可能接觸了原告的軟件，就可以初步認定侵權行為的存在。 (1)原告軟件的程序和文檔; (2)被告軟件的的程序和文檔; (3)原告軟件和被告軟件的程序和文檔經比對后是相同的或實質性相似的證據，此證據最好申請知識產權司法鑒定機構做司法鑒定，鑒定結論證明力一般大于其他書證、視聽資料和證人證言，證明力也較高; (4)被告接觸了原告軟件的程序和文檔，只要能證明有接觸的可能性就可以，比如原告的原軟件開發人員跳槽到被告單位工作。 上述程序和文檔，主要是指相應軟件的源程序和與源程序開發有關的開發文檔;但一般情況下，原告很難獲得被告軟件的源程序，即使原告申請了法院調查收集證據，被告也會拒絕提供其軟件源程序，此時如果原告能證明雙方軟件的目標程序相同或實質性相似;或者雖不相同或者實質性相似，但是被告軟件的目標程序中存在原告軟件中的特有內容;或者雙方軟件的運行界面相同的，可以認定原告完成了相應的舉證責任，這樣做的法理依據是《最高人民法院關于民事訴訟證據的若干規定》第七十五條的規定，“有證據證明一方當事人持有證據無正當理由拒不提供，如果對方當事人主張該證據的內容不利于證據持有人，可以推定該主張成立。” 2、原告損失的證據 這是主張賠償的主要依據。原告首先要根據其實際損失要求賠償;實際損失難以計算時，可以按照被告的違法所得要求賠償。注意這是個遞進的關系。賠償數額還應當包括原告為制止侵權行為所支付的合理開支。原告的實際損失或者被告的違法所得不能確定的，由人民法院根據侵權行為的情節，判決給予五十萬元以下的賠償。 3、其他證據 (1)被告過錯的證據往往包含在以上三類證據中，甚至有時是很明顯的，不證自明的。 (2)因果關系的證據也包含在以上三類證據中，證明的難點往往不在于原告有沒有損失，而是在于原告的實際損失是否全部來源于被告的侵權行為。