1、目的的不同

計算機軟件著作權登記---屬于權利上的登記，目的在于確權，為今后追究第三方侵權留下足夠的證據;

軟件產品登記---目的在于投放市場，確保擁有一個合法的身份。

2、負責管理和登記的部門的不同

負責管理和登記的部門不一致。計算機軟件著作權登記部門為中國版權保護中心;軟件產品登記：國內軟件產品登記由各省市軟件行業協會予以受理和認定。進口軟件產品(含進口軟件本地化產品)的登記申請，統一由中國軟件行業協會受理，最終經信息產業部審查批準后，核發軟件產品登記號和軟件產品登記證書。并由信息產業部審核備案。

3、保護期限的不同

軟件著作權自軟件開發完成之日起產生。自然人的軟件著作權，保護期為自然人終生及其死亡后50年，截止于自然人死亡后第50年的12月31日;軟件是合作開發的，截止于最后死亡的自然人死亡后第50年的12月31日。法人或者其他組織的軟件著作權，保護期為50年，截止于軟件首次發表后第50年的12月31日，但軟件自開發完成之日起50年內未發表的，本條例不再保護。 軟件產品登記保護期限為5年 。